复旦大学创建于1905年，原名复旦公学，是中国人自主创办的第一所高等院校，创始人为中国近代知名教育家马相伯。校名“复旦”二字选自《尚书大传·虞夏传》中“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。1917年复旦公学改名为私立复旦大学；1937年抗战爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为“国立”；1946年迁回上海江湾原址；1952年全国高等学校院系调整后，复旦大学成为文理科综合大学；1959年成为全国重点大学。

上海医科大学创建于1927年，是中国人自主创办的第一所高等医学院校。建院时定名为第四中山大学医学院，1932年改名为国立上海医学院，1952年更名为上海第一医学院，1959年成为全国重点大学，1985年改名为上海医科大学。

2000年，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学，进一步拓宽了学校的学科结构，形成了文理医三足鼎立的学科格局，办学实力进一步增强，已经发展成为一所拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学等十个学科门类的综合性研究型大学。

2010年，学校有普通本专科生13237人，研究生13851人，留学生3805人（其中攻读学位的留学生2706人）；另有成人教育、网络教育本专科生16611人。有专任教师2346人，其中高级职称1538人。

学校现有中国科学院、中国工程院院士35人，其中双聘院士13人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授58人、讲座教授34人，“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家24人。有直属院（系）28个，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点154个（其中自设30个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点229个（其中自设51个，专业学位10个），并设有29个博士后科研流动站。有11个一级学科国家重点学科、19个二级学科国家重点学科。有国家重点实验室5个，教育部工程研究中心4个，教育部重点实验室12个，卫生部重点实验室9个，总后卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室7个，“985工程”科技创新平台5个，“985工程”哲学社会科学创新基地7个。

学校已经形成“一体两翼”的校园格局：即以邯郸校区、江湾新校区为一体，以枫林校区、张江校区为两翼。占地面积244.32万平方米，校舍建筑面积149.23万平方米。此外，学校还拥有中山医院、华山医院等10个附属医院。

2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。

一百多年来，学校在培养人才、创新科技、传承文明、服务社会方面为国家作出突出贡献。复旦师生谨记“博学而笃志，切问而近思”的校训；严守“文明、健康、团结、奋发”的校风；力行“刻苦、严谨、求实、创新”的学风，发扬“爱国奉献、学术独立、海纳百川、追求卓越”的复旦精神，为民族的解放和振兴，国家的建设和发展，社会的文明和进步作出重要贡献。